Située dans l'hémisphère sud, entre l'équateur et le tropique du Capricorne, à l'entrée du Canal du Mozambique, à mi-chemin entre Madagascar et l'Afrique, Mayotte est un petit archipel volcanique de 374 km². Il forme lui-même la partie orientale de l'archipel des Comores. Mayotte comprend deux îles principales et une trentaine de petits îlots parsemés dans un lagon étendu sur plus de 1 500 km². L'île principale, Grande-Terre, découpée et pentue, est formée de 6 massifs érodés dont le point culminant est le Mont Bénara (660 m).

L'îlot de Pamandzi et le rocher de Dzaoudzi, reliés par une digue appelée le Boulevard des Crabes, constituent Petite-Terre. Le chef-lieu administratif est situé à Dzaoudzi, mais l'activité économique est concentrée autour de Mamoudzou, en Grande-Terre. Petite-Terre et Mamoudzou sont les zones les plus urbanisées.

Les Comores sont d'origine volcanique et Mayotte est la plus ancienne île de l'archipel (environ 8 millions d'années). Elle possède un relief moins accentué du fait de l'érosion et de l'enfoncement de son plateau. Les traces du volcanisme ancien sont présentes sur l'île : le cratère de Dzaoudzi, occupé par le lac Dziani en Petite-Terre, le cirque de Cavani en Grande Terre

Les côtes, très découpées, forment des caps, des presqu'îles, des baies profondes bordées de mangroves. C'est la forme particulière de l'île qui lui a valu le surnom " d'île hippocampe ".

Mayotte, qui a su préserver son environnement naturel , possède l'un des plus grands et des plus beaux lagons du monde, délimité par une barrière de corail longue de plus de 160 km, elle-même coupée par une dizaine de passes. Le climat, de type " tropical humide " (moyenne annuelle des températures : 25,6 °C) alterne deux saisons :

  • la saison des pluies, d'octobre à mars, pendant laquelle la mousson venant du nord arrose l'île. Les températures sont élevées et le taux d'humidité très important. 80 % des précipitations surviennent pendant cette période. C'est également la saison des cyclones et des dépressions tropicales, même si Mayotte, protégée à l’est par Madagascar, est peu exposée au risque cyclonique.
  • la saison sèche, d'avril à septembre, pendant l'hiver austral. Les alizés venant du sud-est rafraîchissent l'atmosphère, le taux d'humidité est moins important, et la pluie se raréfie.